O Projeto foi criado em 1999 com os objetivos de Identificar, Proteger, Estudar e Promover o Patrimônio Arqueológico de Ilhabela. A pesquisa resultou na identificação de 73 sítios, na coleta de cerca de 25.000 peças, no resgate de dois sítios e pesquisa amostral nos demais. Permitiu a adoção de políticas de gestão do patrimônio em parceria com a Prefeitura Municipal e com o Parque Estadual de Ilhabela.

O arquipélago de Ilhabela foi primeiramente habitado por grupos de pescadores, coletores e caçadores por volta de 3.000 anos. Posteriormente chegaram grupos de agricultores e ceramistas, principalmente Jês e, finalmente chegaram os portugueses a partir do século XVI. Os sítios arqueológicos identificados pelo projeto referem-se a estes diferentes momentos de sua ocupação. Tipos de sítios: 1) Sítios Concheiros; 2) Sítios Cerâmicos; 3) Sítios Históricos; 4) Abrigos sob Rocha.