As ações de levantamento arqueológico, proteção e promoção do patrimônio tem início em 1990, ocasião em que identificamos material arqueológico nas obras de abertura de uma rua próxima ao sítio Ruínas do Abarebebê. A partir daí a USP foi chamada e, em 1991, realizou escavações arqueológicas no sítio. Com o fim das escavações, o local ficou fechado ao público e somente foi reaberto com o projeto de Sinalização das Ruínas do Abarebebê, que elaboramos e foi aprovado pelo IPHAN. Com a devida sinalização e monitoria das visitas, o local tornou-se o ponto turístico mais visitado da cidade.

Desde a década de 1990, iniciamos um levantamento de sítios no município e, em 2002 foi criado o Museu Histórico e Arqueológico de Peruíbe, a partir de projeto que elaboramos e com o acervo das pesquisas em Peruíbe e na Juréia. Em 2012, o museu foi transferido e reinaugurado no prédio da antiga Estação Ferroviária, restaurado. Nessa ocasião, o Museu recebeu o acervo de 4.000 peças arqueológicas coletadas durante nosso projeto de Monitoramento Arqueológico das obras da Sabesp no Bairro Ruínas.

Atualmente, identificamos 22 sítios arqueológicos em Peruíbe. 

Há sítios pré-coloniais (sambaquis e sítios ceramistas) e sítios históricos (ruínas de igreja, fazenda, etc). Podemos dividir em quatro as principais áreas de ocorrência de sítios arqueológicos: 1) Parque Estadual Itinguçu (Área do Guaraú, Arpoador, Barro Branco, Paraíso); 2) Rio Branco; 3) Ruínas; 4) Taniguá/Terra Indígena Piaçaguera.

O seu acervo é composto por 5.267 peças arqueológicas de vários períodos de ocupação da região. A maior parte do acervo, 4.189 peças, é proveniente da pesquisa arqueológica realizada no entorno das Ruínas do Abarebebê, sendo peças de cerâmica indígena tupi, com decoração plástica e policromada. Há também objetos domésticos históricos, como faianças portuguesas e inglesas. Outras 600 peças são provenientes de sítios localizados nas Unidades de Conservação do Mosaico Juréia-Itatins, com objetos de uso doméstico do século XIX. O restante do acervo é de outros sítios de Peruíbe e região.