Os primeiros habitantes do Vale do Paraíba paulista foram grupos de caçadores, pescadores e coletores, que produziram instrumentos de pedra lascada, e cuja datação mais antiga remonta à 9.000 anos.

Posteriormente, chegaram na região grupos indígenas pertencentes às famílias linguísticas Tupi e Jês (Maramaomis e Puris). Há referências, também, a outros grupos cuja família linguística não foi determinada com exatidão.

Há sítios pré-coloniais líticos e cerâmicos, além de sítios históricos (ruínas de igrejas, fazenda, etc). Municípios como São José dos Campos, Jacareí e Paraibuna concentram a maioria dos sítios conhecidos. Mas os sítios estão presentes em todo o Vale do Paraíba, identificados quando há pesquisas.

Acervos arqueológicos estão presentes em vários museus do Vale do Paraíba, destacando-se o Museu Antropológico do Vale do Paraíba (Jacareí), o Museu Histórico Professor Paulo Camilher Florençano (Taubaté), o Museu da Basílica de Aparecida, e o Museu Municipal (São José dos Campos).